Геолого-мінералогічний музей Одеського національного університету ім. І.І. Мечникова є одним з найстаріших музеїв Одеси. Його фонди мають понад 10000 зразків мінералів і гірських порід, що характеризують речовинну сполуку Земної кори, дна Світового океану, навколосонячного простору.
Зміст і тематика експозицій музею адаптовані до програм курсів з мінералогії, петрографії, кристалографії, літології, загальної геології. У музеї проводяться загальноосвітні екскурсії для учнів середніх та вищих закладів міста та області.
Зоологічний музей

Зоологічний музей - навчальна і наукова база біологічного та геолого-географічного факультетів. Експозиція і фонди музею використовуються студентами при написанні курсових і дипломних робіт, в музеї закріплюються знання, отримані на лекціях. Поряд із заняттями студентів тут проводяться екскурсії для школярів, відпочиваючих санаторіїв, учасників олімпіад. Кількість відвідувачів сягає 10000 на рік.
Музей рідкісної книги НБ ОНУ

Фонд Музею рідкісної книги Наукової бібліотеки містить рідкісні та цінні видання, відібрані із загального фонду зберігання. Разом з іменними колекціями бібліотеки фонд музею налічує зараз близько 100000 видань.
Гордістю Наукової бібліотеки ОНУ є колекція періодичних видань, серед яких багато раритетів. Колекція видань XVI століть, які зберігаються у фондах бібліотеки, нараховує біля 500 книг латинською, французькою, німецькою, італійською, чеською, польською, грецькою, англійською мовами, в тому числі 87 палеотипів.
Палеонтологічний музей

Палеонтологічний музей належить до десятки кращих палеонтологічних музеїв світу. Музей містить найбільшу регіональну колекцію викопних останків, зібраних на півдні Східноєвропейської платформи (Україна та Молдова), та унікальні колекції викопної фауни і флори. Експозиції палеонтологічного музею розташовані в трьох залах загальною площею 500 кв.м. Колекції музею налічують понад 60000 експонатів. Бібліотека музею має понад 10 000 найменувань, більшу частину з яких складають праці засновників палеонтології та геології.